Bajo el cuidado de su familia adoptiva, SSaya Otonashi ha estado viviendo como una persona anémica y amnésica, pero fuera de eso como una adolescente ordinaria. La vida feliz y pacífica de Saya se ve afectada para siempre cuando es atacada por un quiróptero (vampiro en el manga), un monstruo hematófago con apariencia de murciélago gigante que se alimenta de sangre humana; entonces ella se da cuenta que es la única persona capaz de derrotarlos.Tras esto y, luego después, la muerte de su padre adoptivo, Saya se marcha de la ciudad de Okinawa, en donde vive, para enfrentar la amenaza de los quirópteros alrededor del mundo. A Saya la acompañan sus dos hermanos, algunos amigos y su caballero Haji, en un viaje lleno de sorpresas que llevará a Saya a descubrir más sobre la naturaleza de los quirópteros y sobre su propio pasado, que se remonta hasta mediados del siglo XIX.
